بدأت نيابة أمن الدولة العليا تحقيقاتها مع القيادي الإخواني، محمد علي بشر، وزير التنمية المحلية في عهد الرئيس الأسبق محمد مرسي، الذي تم إلقاء القبض عليه، فجر اليوم، عقب مداهمة منزله بمدينة شبين الكوم محافظة المنوفية. كان المستشار الدكتور تامر فرجاني، المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، قد سبق وأن أصدر أمرا بضبط وإحضار محمد علي بشر، في ضوء ما كشفت عنه التحقيقات التي تباشرها النيابة من اشتراكه في ارتكاب جرائم التحريض على العنف والإرهاب ومناهضة الدولة باستخدام العنف المسلح. وأسندت نيابة أمن الدولة العليا إلى محمد علي بشر عددا من الاتهامات، في مقدمتها الانضمام إلى جماعة إرهابية مؤسسة على خلاف أحكام الدستور والقانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل القوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي وتتخذ من الإرهاب وسيلة لتنفيذ أغراضها. حيث لا تزال التحقيقات مستمرة معه حتى الآن.