أثار حكم محكمة استئناف الإسماعيلية بإعادة أوراق القضية الخاصة بهروب المساجين بسجن وادي النطرون أثناء الثورة إلى النيابة العامة -مع براءة المتهم الرئيسي محمد عطية للبت فيه -جدلا سياسيا واسعا. فقد رأت وزارة الداخلية على لسان محدثها الإعلامي اللواء هاني عبد اللطيف أن إشارة المحكمة إلى أن عناصر من حماس وحزب الله هاجمت السجن يعتبر انتصارا لرجال الشرطة الذين اتهموا بأنهم من تركوا السجون لهروب المسجين لإشاعة الفوضى. فيما استنكر محمد محسوب، عضو الهيئة العليا لحزب الوسط، قرار المحكمة، معتبرا إياه بأنه يقف في صالح من لا يؤمن بالثورة ويعتبر أن معتقلي مبارك مسجونون هاربون. وعلق الدكتور جمال جبريل، أستاذ القانون الدستوري، على حكم المحكمة الذي كشف عن هروب الرئيس محمد مرسي من السجن قائلا :إن الرئيس لا تنطبق عليه الاجراءات المنطبقة على الموطنين العاديين حال تعرضهم لمحاكمة جنائية. وأضاف جبريل أنه لا توجد قضية من الأساس وأن المحكمة أصابت في قرارها برد القضية للنيابة العامة. فيما وصف عصام سلطان، نائب رئيس حزب الوسط، الحكم بـ " المسيس"، مشيرا إلى أن الهدف من الحكم هو إقصاء الإخوان معتبرا أن توجه القضاء "فلولي" علي حد زعمه. وطعنت الجماعة الإسلامية -في بيان أصدرته عقب الحكم -في حيادية المحكمة، مؤكدة أن من أصدره ضابط أمن دولة سابق، مؤكدة أن المحكمة وقعت فى أخطاء قانونية، مطالبة من إدارة التفتيش القضائي بمراجعة القوانين.
